行政职能科室：党政办公室、科技科、财务科、后勤保障科；

    业务科室：中药研究所（江西省中药质量标准工程技术研究中心、中药资源中心）、附属医院（中西医结合研究所）、中医临床研究所、《实用中西医结合临床》杂志编辑部、信息文献研究所（含国家中医药管理局情报检索中心南昌分中心）、中医药科技成果开发推广中心、学会办等。