行政职能科室：党委办公室、行政办公室、科技科、财务科、后勤保障科；

业务科室：中药研究所（江西省中药质量标准工程技术研究中心）、附属医院（江西省中西医结合医院）、中医临床研究所、中西医结合研究所、《实用中西医结合临床》杂志编辑部、信息文献研究所（含国家中医药管理局情报检索中心南昌分中心）、省中医药科技成果开发推广中心等。